少林寺除周围众多的堂门和家族外，历史上还有分布各地的众多的下属寺院和分院，这些都是元初裕公创立家族式传代制度后形成的。一个下院实际上是少林寺一个门头。据元代《裕分碑》载，元初裕公在内蒙古和林、河北盘山、陕西西安、山西太原、河南洛阳分建五座少林寺分院。又据后至元二年（1336年）所铸的大铁钟铭文载，少林寺当时的分院有22个。远到禹州、方城、信阳、灵宝、熊耳山等地。又据清嘉庆七年（1802年）《西来堂塔院碑》载，仅西院一系在洛阳、开封、登封、封丘四县的下院就有10个。由此，历史上的少林寺实际上是由若干下院、分院、堂门组成的一个庞大家族，这此分支家族皆受居住在少林寺常住院的住持（方丈）统领。少林寺家族式的传法制度形成后，宗族思想十分严重，家族往往只考自身家族的事务。大家族首领往往执掌少林寺，住持（方丈）也多由其家族成员担任。